少年三国志二神武阁支持体系定期自动重置和界面手动重置两种方法，自动重置为固定周期刷新全区域进度，手动重置可在卡关时即时清空当前区域进度从头挑战。

神武阁自动重置会将全部区域进度恢复至初始情形，玩家回到当前区域第一层，武将血量回满，已获取的助战卡全部清空，同时重置挑战次数和关卡奖励获取资格，完成区域通关后体系也会触发自动重置，开始新一轮挑战。手动重置操作便捷，在神武阁主界面找到重置按钮并确认，即可立即清除当前区域的层数进度、助战卡和武将残血情形，适合阵型组合失误、路线选择不佳或战力不足卡关时运用，重置后可从头规划路线和助战卡收集策略，提高通关效率。

神武阁每个区域包含十八层关卡，每层由多个连通地块构成，地块分为敌人驻守和助战卡奖励两类，玩家只能从相邻地块移动，无法跨地块跳转。挑战敌人时最多可运用两张助战卡，相同类型助战卡不可重复运用，助战卡包含增伤、减伤、控制免疫等效果，合理组合能大幅降低战斗难度。战斗中武将血量会持续继承，战败会扣除挑战次数，重置后会恢复初始挑战次数，后续每天会补充挑战机会，次数耗尽则无法继续推进，需等待重置或次数恢复。

重置后推进关卡有明确收益节点，击败对应区域第六层敌人可稳定获取宝图残卷，累计残卷能兑换神装和养成材料，是神武阁核心奖励其中一个。路线选择上提议前期优先拾取适配阵型的助战卡，堆叠属性优势后再挑战高难度敌人，避免盲目进攻导致次数浪费。不同区域敌人带有唯一特性，部分敌人拥有护盾、增益等效果，需针对性选择驱散、破防类助战卡，重置后从头组合卡牌和阵型，可有效突破此前无法攻克的关卡。